Jeden Mittwoch und Samstag floss im 14. Jahrhundert angestautes Wasser der Leutra über die Jenaer Straßen, reinigte sie und beseitigte den Unrat. So zählte Jena im 16./17. Jh. zu den saubersten Städten in Thüringen. Aber trotzdem geriet das Abwasser manchmal noch in das Grundwasser. Im 17./18. Jh wurden Kanäle bis in die Saale oder ihren Zuflüssen gebaut. Um 1880 stieg die Einwohnerzahl auf 20.000 und so wuchs die dringende Notwendigkeit zur Neugestaltung der städtischen Abwasserentsorgung. Deshalb wurde mit der teilweisen Umwandlung des offenen in ein geschlossenes Kanalsystem begonnen. Weiter ging es auch mit einem Hauptsammelkanal und Regeln, die eingehalten werden mussten. Nun gab es auch schon öfters Abfuhren in Tonnen mit Pferdekutschen. Um 1900 begann mit der zunehmenden Installation von Spülaborten die gemeinsame Ableitung von Brauchwasser und Fäkalien in die Kanalisation. Aus diesem Grund hielt die Stadt die Errichtung eines Flußbades im Stadtteil Lichtenhain "aus hygienischen Gründen" für "sehr bedenklich", da dort die Abwässer von ca. 2500 Bewohnern ungeklärt in die Saale geleitet wurden. Wegen der an dieser Stelle geringen Strömungsgeschwindigkeit des Flusses hielt die Stadt es für notwendig, dass mit Errichtung des Bades gleichzeitig auch der Anschluss der Lichtenhainer Kanalisation an die Jenaer zur Durchführung kommt. Dies passierte dann auch um 1920. Die Fäkalienabfuhr mit dem Tonnenwagen in der Stadt war bis 1933 in Betrieb. Dann gab es verschiedene fahrbare Pumpen, Tonnen, Fässer und eine Art Autos. Die Gesamtlänge des Jenaer Kanalnetzes betrug damals ca. 90 km. Diese Dinge brachten zwar Verbesserungen, führten aber zur enormen Belastung der Saale und ihrer Nebenbäche. Nach Ende des 2. Weltkrieges war das Kanalnetz überbelastet und sanierungsbedürftig. Es existierten nur 2 oder 3 Kammerklärgruben als hauseigene Kleinkläranlagen zur Absetzung der gröbsten Stoffe. Die Abwässer wurden im wesentlichen ungeklärt in die Saale, die bereits durch Industrieabwässer verunreinigt war, abgeleitet. 1948 gab es ein Projekt für eine Zentralkläranlage in den Löbstedter Wiesen und für einen neuen, leistungsfähigen Hauptsammelkanal ab Burgau. In den darauf folgenden Jahren wurden viele Rohre ausgewechselt und ein guter Hauptsammler links der Saale gebaut. 1973 wurde wirklich eine Zentralkläranlage gebaut, allerdings im Stadtteil Zwätzen. Ab 1976 besaß Jena dann eine Kläranlage, die noch öfters erweitert wurde. Auch in anderen Orten wurden in der Zwischenzeit Kläranlagen gebaut, in manchen aber sogar erst nach 1989. Die Saale wird seit dem immer sauberer und es entstehen wieder Chancen, dass ein neues Saalebad eröffnet werden könnte.